Genomic_Workshop_Dataset_Bioinfo25

Abstract

Ce Dataset est constitué de : 1: Escherichia coli INF32/16/A productrice d’ESBL (gain d’antibio-résistance) – Illumina Paired-End (SRA : SRR15334628). Ce jeu de données illustre l’analyse d’une souche bactérienne clinique (génome ≈ 5 Mb, plusieurs milliers de gènes). Référence : Escherichia coli strain INF32/16/A: Dataset of raw reads and assembled draft genome - PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34901351/ 2: Lacticaseibacillus paracasei LPC100 (isolat probiotique intestinal) – Illumina Paired-End (SRA SRR27494225) + Nanopore long reads (SRA SRR27494226). Cette souche (génome ≈ 3 Mb) est étudiée pour ses propriétés bénéfiques (métabolisme du lactose, production d’acides gras) Référence : Complete genome sequence of the probiotic Lacticaseibacillus paracasei LPC100 strain from the NORDBIOTIC collection isolated from a human fecal sample - PMC https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11320909/ 3: Lacticaseibacillus plantraum LPC100 (isolat lactique candidat probiotique à partir d'un produit laitier) – Illumina Paired-End. Utilisé comme exemple démonstratif durant les démonstrations. Référence : https://doi.org/10.1080/08905436.2024.2382859